নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের আওতাধীন বাংলাদেশ স্থলবন্দর কর্তৃপক্ষের সরাসরি নিয়ন্ত্রণে ভোমরা স্থলবন্দরের কার্যক্রম পরিচালিত হয়। ১৯৯৬ সালে জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের আওতায় ভোমরা স্থল শুল্ক স্টেশনের কার্যক্রম চালু হয়।
গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার এসআরও নং-১১-আইন/২০০২, তারিখ: ১২ জানুয়ারী, ২০০২ এর মাধ্যমে শুল্ক স্টেশনকে বন্দর হিসাবে ঘোষণা করেন।
২০০২ সালে ভোমরা শুল্ক স্টেশন কে স্থলবন্দর ঘোষণা করে নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের আওতাধীন বাংলাদেশ স্থলবন্দর কর্তৃপক্ষের অধীন ন্যাস্ত করা হয়।
প্রাথামিক ভাবে একটি উন্নয়ন প্রকল্পের আওতায় বন্দরের ১৫.৭২৯৮ একর জমি অধিগ্রহণপূর্বক প্রয়োজনীয় অবকাঠামো নির্মিত হয়। পরবতীর্তে মাননীয় নৌপরিবহন মন্ত্রী মহোদয় কর্তৃক গত ১৮/০৫/২০১৩ খ্রি: তারিখে ভোমরা স্থলবন্দরে অপারেশনাল কার্যক্রম উদ্বোধন করা হয়।